Exom sekventeringed8c24c6-6197-41a6-8e7a-a0d7129bfdc5
- Det er den del som bliver oversat til protein (modsat introner, som bliver skåret fra)
Typer af sekventering
- Targeteret (hvis man ved hvad man leder efter)
- Kun specifikke gener
- Fuld genom (hvis man ikke helt ved hvad man leder efter)
- Tager 6 måneder (ved gravide prioriteres de, så kan det tage 1-3 uger)
- Alle kendte gener
- Hvis foretaget på både barn + begge forældre = Trio-analyse
- DYR. Koster 25-30.000kr for rapporten.
- Indikation: Syndromer (mange organsystemer ramt). Hvis der eksempelvis findes én genetisk forklaring.
- Men hvorfor tager man ikke targeteret til disse??? Det er nok fordi man kan være usikker som kliniker over hvilket syndrom det præcist er. Når man laver fuld exom sekventering har niveauet af klinikeren ikke betydning
Fremgangsmåde
- Fænotype (beskrivelse i journal)
- Pedigree
- Blodprøver
- Kun Center for Sjældne sygdomme kan bestille trio-analyse uden henvisning til klinisk genetisk afdeling, som bestiller trio-analysen
- Selve undersøgelsen foretages i afdeling for molecular medicine (MOMA), hvor Clinical Genetics interpreter analysen
Trio-analyse
- Variant filtering = Filtrering af genetiske varianter. Hvilke kan være sygdomsfremkaldende?
- Bruger statistiske prediction tools + inheritance patterns + common variants (registreret i databaser - hvis det er en hyppig mutation (dvs. findes i mange raske individer) er risikoen for at den er sygdomsfremkaldende lav
- Dette er selvfølgelig så afhængigt af hvilke varianter man allerede kender. Man har ikke “tid” til at finde nye varianter (dette kræver forskning andetsteds, som har publiceret omkring det).
- Det er “designet” af gen-analysen, fordi alle mennesker har mange genetiske varianter
- Man leder efter de-novo, autosomal recessive og X-linked (ting som ikke findes ved begge forældre, disse sorteres fra).
- Dvs. varianter of interest skal være de-novo/AR/X-linked + sjældne + passe på fænotypen (baseret på litteratur)
- Normal (50%): No variants detected using this design.
- Dette betyder IKKE at patienten ikke har en mutation. Kan ikke afvise det.
- Class 5 (35% får class 4-5): Known disease variant
- Secondary findings (sjældne): Man kan få class 5, som ikke passer på den nuværende fænotype. Dette kaldes secondary findings.
- Så siger man til patienten “du kan udvikle denne sygdom senere i livet”. Patienten vælger om de vil have secondary findings at vide inden de får fuld genom sekventeringen. De fleste vælger at takke ja (80%).
- Class 4: Likely pathogenic
- Class 3: Unknown significance
- Efter variant filtreringen kigger genetikeren de enkelte resterende igennem manuelt
Opsummering
